Градът се казва Клисура, защото 2 те планини там са много близко една до друга История  Клисура е един от най-значимите в исторически аспект градове за България.

Градът се свързва преди всичко с Априлското въстание от 1876 година, където изиграва водеща роля. Роденият в Клисура революционер Никола Караджов лично донася в града кървавото писмо на Тодор Каблешков, което обявява началото на Априлското въстание. Клисурската местност Зли дол е своеобразен паметник на културата, запазил спомените за едно от най-страшните сражения на Априлското въстание.